随第二阶段战役展开，双方围绕核心防线交战无数，在交战的过程中，星空巨炮数次发威，将准备不足的摩柯舰队连连重创，至少上万战舰毁灭在星空巨炮恐怖的炮光下，随后摩柯神族让投降的海盗主动进攻，这才让那些人如梦初醒，连摩柯族都要拼命，他们又怎么会有机会置身事外？
星空巨炮打造的终极防线太强大了，尤其是被修复的四十门灭星炮与四门毁灭炮，配合一千二百门轨道炮，加上城墙般不可逾越的星空壁垒，能够抗拒任何程度的攻击，就像一艘永不沉没的星空堡垒。
在这种情况下，被摩柯族收服的海盗们又开始反复，毕竟他们投降摩柯族的目的，是因为摩柯族的舰队强大，避免成为炮灰，既然摩柯族让他们当炮灰，为什么还要留在摩柯族的旗下？
一时间无数星盗蜂拥而逃，虽然无法逃进六大星区，但他们熟悉西里拉星区，知道无数藏身地点，同时为得到补给或者其他，又将目标对准了六大星区舰队的补给运输船，就像蚊子一般环绕在补给线路上，叮上一口就跑，让摩柯族的大军烦不胜烦，主力在与星空巨炮对持，后方负责安全的分级舰队却未必是海盗们的对手。
于是摩柯神族将荒野海盗团的两支军团派出去剿灭星盗，用海盗来对付星盗，这才让后防线稳固下来，随后便是相持战，而这时，打破僵局的契机终于出现了，被称之为血腥疯狗的香巴，突然联系摩柯族，商量收编的事宜，同时摩柯族伪军也愿意投降。
已经实力受损的摩柯族舰队对其是极其乐观的，毕竟无论是伪军还是血色军团，都是摩柯人，相比杂牌星盗，他们更愿意相信自己人，因此拿出最大的诚意，将剿灭星盗的第二，第四军团召回，一起参加和谈。
可谁也没有想到，摩柯族的同族竟然疯狂到在和谈当日发动袭击，就像当日在居住星的翻版，区别是，血色军团的战力远远超乎摩柯舰队的想象，数万投靠摩柯族的海盗被屠杀一空，而摩柯伪军也在香奈儿的策应下，主动攻击摩柯族监视舰队。
当一切终结，两只军团不复存在，而摩柯族也损失了两支一级舰队，可以说荒野海盗团大获全胜，可万万没有料到，海绵宝宝的愤怒星盗团出现问题，他们与荒野第三军团勾结在一起，以血色军团投敌为借口发动叛乱，想趁乱夺取荒野海盗团的三艘星座级旗舰，荒野方面因准备不足，导致核心防线遭受巨大破坏，甚至连能源工厂也被相续攻占。
也幸亏香巴诈降，让摩柯族遭受巨大损失，这才没有在能源工厂被占据的第一时间发送总攻，同时也给了摩柯舰队机会，乘势突入了最终防线，将双方的战线搅成一团，变成犬牙交错的混战。
这时的战争方式，已从巨炮对轰变成了强者厮杀，主力便是银心强者，为一举收复西里拉星区，摩柯族抽调大量银心战士，一度达到三万以上，三万名久经训练，擅长配合的银心战士，对星盗们造成了巨大伤亡，即使使用愤怒咆哮与璀璨闪光，也依然抵挡不住摩柯族强者的突袭。